Ich verwende zum Videovergleich den Frameserver Avisynth mit dem Plugin FFMPGEGSource und zur Anzeige VirtualDub. Zum Encoden MeGui. Dafür muss man allerdings ein Script schreiben, um die Videos zu laden, zu schneiden, die Bildgröße einzustellen und die Bilder zu platzieren.
http://avisynth.nl/index.php/Main_Page
https://github.com/FFMS/ffms2/releases
http://virtualdub.sourceforge.net
https://sourceforge.net/projects/megui/